En diciembre de 2010, Khodorkovsky fue sentenciado a 14 años de cárcel por robo de petróleo y la legalización de procedimientos para su venta. Posteriormente la sentencia fue reducida a 13 años. En 2012, el Tribunal Supremo de Rusia revisó el término de encarcelamiento y determinó que expiraría en agosto de 2014.
El ex magnate reiteradamente insistió en su inocencia, sosteniendo que las acusaciones penales en su contra estaban políticamente motivadas.